Поиск в eMule с RB450G даёт гораздо меньше результатов, чем без него.

Маршрутизатор не сбрасывает пакеты просто так, без причины. Но он мог бы это делать, если бы у вас были другие правила файрвола, которые могли бы на это влиять, например, какие-то попытки защитить сеть. У вас что-то подобное есть? Или там только два правила для eMule и одно для NAT?

Отключи все эти правила и попробуй снова.

Я попробовал eMule на:  
- ПК с публичным адресом  
- ПК за NAT с проброшенными портами  
- ПК за NAT без проброшенных портов  

И количество результатов всегда примерно одинаковое (разница около 1%, но это нормально, ведь другие клиенты с нужными файлами постоянно подключаются и отключаются от сервера).  

Если смотреть на поток пакетов, то неудивительно, потому что поисковый запрос отправляется по уже установленному TCP-соединению с сервером, а результаты возвращаются по тому же соединению.  

Я нашёл документацию по протоколу eMule, где говорится, что поиск по UDP тоже возможен (они называют это Enhanced file search), но не объясняется, когда именно он используется. У меня eMule, похоже, вообще его не использует.  

Так что, мне кажется, проблема может быть не в роутере. Например, ты всегда подключаешься к одному и тому же серверу?

Если бы у меня была такая проблема, я бы попробовал протестировать с другим компьютером и/или чистой установкой eMule. Для гарантированно чистых установок отлично подходят виртуальные машины. Можно также попробовать NAT отличный от ROS, чтобы посмотреть, изменится ли что-то. Если у вас нет другого роутера для теста, это легко сделать с помощью VM: просто подключите ПК напрямую, а затем подключите виртуальную машину, запущенную на нём, к интегрированному NAT-подключению VM. Кроме того, можно проанализировать пакеты в поисках подсказок, но я бы оставил этот вариант на случай, если всё остальное не поможет.