Хм. Не думаю, что это известная проблема с Mikrotik. Какую версию используете? Мне кажется, либо машина, с которой вы подключаетесь, мешает нормальному подключению из-за настройки брандмауэра, либо вы настроили переадресацию портов, но забыли настроить безопасный порт для настройки Winbox, либо вы блокируете безопасный порт на самих MT боксах. Я сталкивался с этим несколько раз давным-давно – убедитесь, что не блокируете порт 3987 (или тот, который используется в версии 2.9, если используете ее). Проверяли ли вы, что эта проблема возникает на разных компьютерах? И пробовали ли скачивать Winbox прямо с одного из роутеров и удалять старый файл winbox.exe и файлы плагинов?